Ziel der kontinuierlichen und systematischen Überwachung der Sicherheit von Fertigarzneimitteln (Pharmakovigilanz) ist es, unerwünschte Wirkungen zu entdecken und zu beurteilen, um  Massnahmen zur Risikominimierung zu ergreifen.

Das KSA verfügt über ein Pharmakovigilanz-Meldesystem, welches der Verantwortung der Leitung der Klinischen Pharmazie der Spitalpharmazie obliegt. Durch Weiterbildungsveranstaltungen und Einführungsschulungen werden die Ärzteschaft und das Pflegepersonal dafür sensibilisiert, unerwünschte Arzneimittelwirkungen zu melden.
Die klinischen Pharmazeutinnen und Pharmazeuten der Spitalpharmazie erfassen unerwünschte Arzneimittelwirkungen, die im Rahmen von Visiten oder durch Konsilanfragen bemerkt werden, im Pharmakovigilanzmeldesystem.